大量的研究发现，肠道中的微生物会影响身体内的代谢过程，这其中涉及多种机制。
　　2018年6月发表在《Cell Metabolism》（《细胞代谢领域》）中对果蝇的研究发现一种新机制，这种机制与先天性免疫过程有关。
　　哈佛大学医学院的研究者发现，先天免疫系统除了作为第一道防线抵抗细菌和病毒的感染，它还有另外一个重要的作用。在肠道内，消化细胞可以通过先天免疫过程来对抗有害细菌，而肠道中的内分泌细胞也可以通过先天性免疫过程来对“好”细菌做出反应，从而对饮食和肠道状况作出代谢反应。
　　研究者以前对果蝇肠道微生物进行了研究，为什么选择果蝇呢？因为果蝇肠道的细菌种类和人类肠道微生物有些类似。
　　以前研究发现，果蝇肠道中细菌能够产生一种短链脂肪酸—醋酸盐，醋酸盐对果蝇自身的脂肪代谢和胰岛素信号传导至关重要。当果蝇肠道中没有细菌时，脂肪小滴会在消化细胞中积累。
　　研究者以前的研究还发现，如果果蝇肠内分泌细胞缺乏速激肽（一种类似胰岛素的蛋白，对果蝇的生长、脂肪代谢和胰岛素信号传导很重要），脂肪小滴也会在消化细胞中累积。
　　最新的研究也发现，当IMD先天免疫通路出现突变的话，也会出现上面的情况，消化细胞也会累积脂肪小滴。
　　不管是哪种原因导致果蝇脂肪小滴的累积，都表明果蝇不能合理地代谢碳水化合物和脂肪，这也说明果蝇患有代谢综合征，而代谢综合征普遍与肥胖和糖尿病有关。
　　研究者通过一系列的实验，发现先天性免疫过程能够刺激内分泌细胞产生速激肽；如果肠道中没有细菌或者产生不了醋酸盐，内分泌细胞不能产生速激肽；当给予无菌果蝇醋酸盐时，先天性免疫反应激活，内分泌细胞也能够产生速激肽；内分泌细胞中有一种特殊先天免疫接受体-PGRP-LC，这种接受体能够接受醋酸盐信号。
　　这些发现证明肠道微生物影响体内代谢存在一种新机制：肠道微生物可以通过和先天性免疫过程相互作用，从而影响体内代谢过程。这种新机制在以前的研究中没有发现。
　　研究者还发现，内分泌细胞先天性免疫过程的激活对于果蝇的正常生长和代谢至关重要，如果先天性免疫过程没有被激活，果蝇的生长就会出现异常。另外，如果给予果蝇醋酸盐或者重新激活其先天性免疫过程，果蝇的生长又重新恢复正常。
　　研究人员表示，维持肠道微生物的平衡非常重要，有益细菌能够利用饮食中的营养物质产生短链脂肪酸例如醋酸盐，从而有助于充分吸收和利用饮食中的营养物质，而有害细菌则刚好相反，它们能够消耗短链脂肪酸，从而妨碍健康代谢。肠道微生物的失衡可能与肥胖和营养不良密切相关。
　　所以，在饮食中多摄入益生元或者易发酵的碳水化合物，可促进体内醋酸盐水平的上升，促进健康代谢。这些食物有助于修复肠道微生物的失衡，特别是在长期使用抗生素的情况下。